Di dalam melaksanakan kegiatan pelayanan publik, Pengadilan Militer III-18 Ambon tidak selalu dapat memenuhi harapan masyarakat, khususnya para pencari keadilan. Bila hal ini terjadi, akan menimbulkan ketidakpuasan dan keluhan dari masyarakat.
Keluhan tersebut dapat diajukan ke Pengadilan Militer III-18 Ambon;

A. SECARA LISAN
1. Melalui telepon (0911) – 314783-355139 saat jam kerja mulai pukul 08.00 s/d 16.30 WIT.
2. Datang langsung ke Kantor Pengadilan Militer III-18 Ambon.

B. SECARA TERTULIS
1. Menyampaikan surat resmi yang ditujukan kepada Kepala Pengadilan dengan cara diantar langsung, dikirim melalui faksimile, atau melalui pos ke alamat kantor Pengadilan Militer III-18 Ambon Jalan Jenderal Sudirman, Batu Merah Ambon Kode Pos : 97128 (Meja Pengaduan dan Informasi).
2. Melalui e-mail : Alamat email ini dilindungi dari robot spam. Anda memerlukan Javascript yang aktif untuk melihatnya.
3. Pengaduan secara tertulis wajib dilengkapi fotokopi identitas dan dokumen pendukung lainnya seperti dokumen lainnya yang berkaitan dengan pengaduan yang akan disampaikan.

C. PENERIMAAN PENGADUAN
1. Pengadilan Militer III-18 Ambon akan menerima setiap pengaduan yang diajukan oleh masyarakat baik secara lisan maupun tertulis.
2. Pengadilan Militer III-18 Ambon akan memberikan penjelasan mengenai kebijakan dan prosedur penyelesaian pengaduan pada saat masyarakat mengajukan pengaduan.
3. Pengadilan Militer III-18 Ambon akan memberikan tanda terima, jika pengaduan diajukan secara tertulis
4. Pengadilan Militer III-18 Ambon hanya akan menindak lanjuti pengaduan yang mencantumkan identitas pelapor.

HAK-HAK PELAPOR DAN TERLAPOR BERDASARKAN SURAT KEPUTUSAN MAHKAMAH AGUNG RI NOMOR : 076/KMA/SK/VI/2009 HAK-HAK PELAPOR
1. Mendapatkan perlindungan kerahasian identitas.
2. Mendapatkan kesempatan untuk memberikan keterangan secara bebas tanpa paksaan dari pihak manapun.
3. Mendapatkan informasi mengenai tahapan laporan pengaduan yang didaftarkan.
4. Mendapatkan perlakukan yang sama dan setara dengan Terlapor dalam pemeriksaan.

HAK-HAK TERLAPOR
1. Membuktikan bahwa ia tidak bersalah dengan mengajukan saksi dan alat bukti lain.
2 . Meminta berita acara pemeriksaan (BAP) dirinya.